我国技术市场交易中，专利技术转让合同占了很大比重，其中，又以专利实施许可合同为多，专利权转让合同和专利申请权转让合同数量也在逐年增多。
作为技术转让合同，其主要特征在于，技术转让合同的标的，是当事人订立合同时转让方已经掌握的“特定”和“现有”技术成果。所谓“特定的”技术成果，指的是符合特别规定，受法律确认和法律保护的技术权益。如专利权，专利申请权，专利实施权等。所谓“现有的”技术成果，指的是作为技术转让合同标的的技术权益，在订立合同时已经存在。尚待研究开发的专有技术不得作为专利技术转让合同的标的。“特定的”与“现有的”技术成果是构成技术转让合同的必要条件，二者缺一不可。中国的相关法律和司法实践十分重视技术转让合同的这一特点。
（一）、专利技术转让合同的诉讼管辖
2001年6月15日，最高人民法院发布的《全国法院知识产权审判工作会议关于审理技术合同纠纷案件若干问题的纪要》第90条规定：“技术合同纠纷属于与知识产权有关的纠纷，由中级以上人民法院管辖。”这一纪要虽然不是司法解释，但是，技术合同纠纷早已划入知识产权纠纷，这是不争的事实，只是在管辖级别上各地并不统一。此纪要发布后，许多省、自治区、直辖市均将技术合同纠纷案件与其他知识产权纠纷案件一样将级别提升到中级法院管辖。
在专利技术转让合同中，专利权转让合同和专利申请权转让合同发生纠纷，根据最高人民法院关于审理专利纠纷案件有关实行特别指定管辖的规定，应分别由各省、自治区、直辖市有专利纠纷案件管辖权的中级人民法院作为第一审法院，各省、自治区、直辖市的高级人民法院作为第二审法院。
对于专利实施许可合同纠纷，以及在专利申请阶段订立的技术转让合同纠纷案件的管辖问题，最高人民法院未作专门规定，应当依照民事诉讼法第24条的规定：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”也就是说，各地中级法院均有管辖权。
（二）、专利技术转让合同的法律适用
专利技术转让合同作为技术合同的一部分，它的订立、履行、变更、解除以及纠纷的解决，不仅要受到专利法的调整，同时也要受合同法的调整即签订专利技术转让合同，不仅要符合合同法的规定，还必须符合专利法的规定。
对于混合技术合同，即在一份合同中既有专利技术合同的内容，又有非技术合同的内容，例如在一份合同中，既有专利实施许可合同的内容，又有购销合同的内容，发生纠纷后，法院可以同时依据专利法和合同法中关于技术合同和经济合同的规定处理。
（三）、关于向外国人转让专利申请权或者专利权的问题
专利权转让合同，是指专利权人作为转让方将其发明创造专利的所有权移交受让方，受让方支付约定价款所订立的合同。根据专利权转让合同，受让方向转让方支付约定的价款后，成为新的专利权人，享受实施该项发明创造的排他性权利，原专利权人就失去了对该项专利的所有权。专利权可以全部转让，也可以部分转让。部分转让后，专利权成为共有权，专利权人和受让人成为共有专利权人。
专利申请权转让合同，是指转让方将其特定的发明创造申请专利的权利移交受让方，受让方支付约定价款所订立的合同。专利申请权转让后，发明人、设计人或者其所属单位就失去了就同一发明创造申请专利的权利。
按照专利法第10条的规定，中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，必须经国务院有关主管部门批准。转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。未生效的专利申请权或者专利权转让专利合同，不受法律保护。
这里需要说明的是关于向外国人转让专利申请权或者专利权的问题。根据专利法第10条第2款规定，中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，必须经国务院有关主管部门批准。这里所称的中国单位，是指按照我国法律成立从而具有我国国籍的单位，不仅包括全民所有制单位、集体所有制单位、股份有限公司、有限责任公司、私营企业以及其他混合所有制单位，而且包括依照我国法律成立的中外合资企业、中外合作经营企业以及外商独资企业。本条第2款所称外国人应当从广义上理解，是指所有不具有中国国籍的组织和个人，包括狭义的外国人、无国籍人、外国企业和其他外国组织。
如果专利申请权和专利权的转让人是中国单位或者个人，而受让人是外国人，就必须经国务院有关主管部门批准。这是因为专利申请权和专利权涉及技术，某些技术对国家的经济和科技利益有重大影响，如果将这样的技术转让给外国人，使之获得专利独占权，有可能对我国的科技和经济利益带来不利影响。
实践中的问题是，在中国单位中，包括了中外合资企业、中外合作经营企业和外商独资企业。近年来，外商在中国设立三资企业尤其是独资企业越来越多，而且，许多是研究开发性机构。作为独资企业在工作中研发出新的技术成果之后，如果将这些成果在中国申请了专利或者获得了专利权，当独资企业要将其“转让”、“交还”给总公司时，是否也同其他公司一样，要经过中国国务院有关主管部门批准？应当说这是肯定的。既然专利法做了明确规定，所有中国单位均应执行。
因为，这些技术成果已经申请中国专利，对于已获得专利权的，说明已经向社会公开其技术内容，不存在泄露国家秘密问题。对外资企业向外国人转让专利权的，要经过国务院有关主管部门批准，其目的并不在于担心将对国家的经济和科技利益有重大影响的技术成果转让到国外。这一点于其他中国单位向外国人转让专利权是有所不同的。因此，其经过批准仅仅是一种程序性规定，一种备案式规定。
中国单位和个人向外国人转让专利申请权和专利权，应当由国务院哪个主管部门批准？对此专利法没有作出规定。随着我国市场经济体制的发展和国务院机构改革的深入进行，原来的各工业系统的概念已经逐步淡化，因此，这一问题变得突出了。为了方便有关当事人，提高行政管理效率，第二次修改的专利法实施细则第14条新增加的一条，规定：“中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，由国务院对外经济贸易主管部门会同国务院科学技术行政部门批准、国务院科学技术主管部门批准。”
（四）、对合同标的——技术成果的鉴定问题
在技术合同尤其是专利实施许可合同履行过程中，当事人常会因合同标的——技术成果是否成熟、先进、可靠、适用而发生纠纷。审理这类纠纷案件，往往会遇到对该技术成果的鉴定问题，而鉴定结论对案件的处理结果关系极大。专利技术合同纠纷与经济合同纠纷相比，专业性、技术性更强，对合同标的的鉴定与对一般商品的鉴定也是有所不同的。
对合同当事人之间许可的专利技术在转让前是否需要通过技术鉴定，可以由当事人约定。但鉴定不是技术转让必须的前提，主要是通过履行合同对其作出评价。
在合同履行过程中，双方当事人是否尽到了合同义务，这时也涉及到技术鉴定问题。根据合同法的规定，技术合同的条款由当事人约定。在专利实施许可合同条款中很重要的一项就是“验收标准和方式”。因此，在合同中一般应当约定验收标准和方法。当事人为此发生纠纷，人民法院对该技术成果组织鉴定，实质上就是对该合同的技术是否符合合同约定的一种验收。因此，当事人在合同中约定的验收标准和验收方式，也应当是人民法院鉴定该技术成果的标准，不符合约定验收标准的，就应视为违反合同，违约方应当承担违约责任。
人民法院可以根据案情的需要，采取鉴定形式，也可以经当事人同意后，以合同约定的验收标准及方法为依据，采取当事人自行鉴定的形式对技术成果作出评价，以检验技术成果是否符合合同约定的标准。
当然，对于经中国专利局授予专利权的发明专利，实施后取得经济效益，并由专利实施单位出具财务部门的经济效益证明或社会效益证明的技术成果，根据《科学技术成果鉴定办法》的规定，可视为已通过鉴定。这种视同鉴定形式与科技成果的其他鉴定形式具有等同效力。所以人民法院在审理专利实施许可合同纠纷案件中，遇到对技术成果评价问题时，如果当事人能提供证据证明该技术已视同鉴定，法院可以不再另行进行技术鉴定。
在对专利实施许可合同的标的进行鉴定时，尤其应当注意以下问题：
1、应采取民主的办法，允许当事人质询答辩。
由于对技术成果尤其是专利技术的鉴定是一项复杂的科技评价活动，因此，鉴定不应简单地照搬一般民事、刑事案件的鉴定办法，把个别鉴定人对某项技术的意见作为有证据效力的“鉴定结论”，而应当采用分析、讨论的办法，实地演示、操作的方法，并允许双方当事人参加质询、答辩，以求作出的结论经得起历史的考验。
2、应注意为当事人保守商业、技术秘密。
专利技术往往不是独立存在的，而是和技术秘密混合在一起。有些申请专利前的技术方案，一旦泄露，将可能失去新颖性和竞争性，失去获得专利权的可能性。这些技术秘密一旦公诸于世，将给当事人造成极大损失。因此，在审理专利技术转让合同纠纷中，一方面要依法公开进行，另一方面要尽可能地为当事人保守秘密。对与审理本案无关的技术诀窍不应公开，更不能泄露给对方当事人；对当事人要求保密的技术内容和对与审理案件有关的商业秘密、技术秘密，应当尽量不公开，以免给当事人造成其他经济损失。
3、专利技术不符合合同约定、实施达不到约定效果的，应视为许可方违约。
依据我国专利法的规定，有些技术方案要经过实质性审查，才可以获得发明专利权，但其距离工业化生产往往还相差较远；有些实用新型和外观设计，虽然取得了专利权，但由于未进行实质性审查，进入工业化生产往往还需要进行后续开发改进。就是说，获得专利权的技术不一定都能立即实施。因此，专利权人在订立专利实施许可合同时，应当对自己提供的专利技术负责，如实向被许可方讲明专利技术所处的法律状态，在合同中写明是否需要后续开发改进，由谁来进行等条款。如果在合同中未对此加以约定，而作为完全成熟的技术与他人订立专利实施许可合同，专利权人就应当保证其转让的技术符合合同约定的技术标准或专利文件中记载的技术标准。
在审理专利实施许可合同纠纷案件时，被许可方就专利技术是否成熟提出异议，法院不应以许可方有“专利证书” 、“专利权未被宣布无效”等为理由，认定该专利技术成熟可靠，而应当实事求是地进行鉴定。经过鉴定，证明技术不成熟，不能进行工业化生产或不符合合同约定标准的。应认定许可方违约，由其承担违约责任。
（五）、专利实施许可合同，只在该项专利权存续期间有效
作为一项发明创造专利，一旦超越专利权的有效期限，法律授予的专利权即不复存在，该发明创造便作为公共情报为整个社会所利用，公众有自由利用和实施该项发明创造的权利，无需经过原专利权人的许可。此时，当事人之间不再存在订立专利实施许可合同的前提。在专利权被终止、宣布无效、或超过保护期限后，原专利权人或者任何人，仍就该发明创造与他人订立专利实施许可合同，则属于欺诈行为。这种以欺诈手段订立的合同，属于无效合同，转让方应当承担法律责任。
专利实施许可合同，所涉及的发明创造专利在订立合同时是有效的，在合同有效期内，因许可方未按期交纳年费导致专利权被终止或者因原专利不具备授予专利权的条件，被宣告无效时，对原专利实施许可合同要分别情况，区别对待。因专利权人未交纳年费等原因，造成专利权终止时，原专利实施许可合同同时终止。转让方应当承担违反合同的责任，支付违约金或者赔偿损失。因发明创造不具备授予专利权的条件，经当事人或者利害关系人请求，由专利复审委员会或者人民法院宣布专利权无效时，该发明创造专利权视为自始便没有发生，该专利实施许可合同应予撤销。由此给受让方造成经济损失，专利实施许可合同的转让方还应当给予赔偿。
值得注意的是，根据专利法第47条的规定，宣告专利权无效的决定，对在宣告专利权无效前已经履行完毕的专利实施许可合同不具有追溯力。但是因专利权人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。
专利实施许可合同履行完毕后，专利权被宣布无效，如果专利权人不向被许可方返还专利使用费，明显违反公平原则，为此，许可合同的受让方提起诉讼，专利权人应当向被许可方返还全部或者部分专利使用费。
如果在合同纠纷诉讼中，作为许可合同标的专利权被宣布无效，该合同亦应终止履行。
在诉讼中，如果发现专利实施许可合同的期限超过了专利权有效期限，如实用新型专利权有效期限为10年，而许可合同期限约定为15年，则合同超出专利权保护期限的5年应属无效。
（六）、专利实施许可合同备案的效力与作用
根据专利法实施细则第15条第2款的规定，专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。根据专利法实施细则第89条之规定，国务院专利行政部门在定期出版的专利公报中将公告专利实施许可合同的备案情况。
2001年12月17日国家知识产权局发布了《专利实施许可合同备案管理办法》（简称《管理办法》），对专利实施许多合同的备案作出了具体的规定。其中，有些内容与人民法院审理专利实施许可合同纠纷和专利侵权纠纷有关。
（1）《管理办法》第5条规定：当事人应当自专利合同生效之日起3个月内办理备案手续。这一规定明确了几点：
其一，备案与合同生效无关，在合同生效之后才需要备案。当然，备案也与合同效力无关，合同是否备案并不影响合同的效力；
其二，这里讲的专利合同，包括专利实施许可合同，也包括专利申请过程中订立的许可合同。
（2）《管理办法》第6条规定：已经备案的专利实施许可合同的受让人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，如不及时制止将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以向人民法院提出诉前责令被申请人停止侵犯专利权行为的申请。
独占专利实施许可合同的受让人可以依法单独向人民法院提出申请；排他专利实施许可合同的受让人在专利权人不申请的情况下，可以提出申请。
经过备案的专利合同的受让人对正在发生或者已经发生的专利侵权行为，也可以依照专利法第57条规定，请求地方备案管理部门处理。
根据这条规定，经过备案的专利合同的受让人，其一，可以对专利侵权行为向人民法院提出诉前停止侵权行为的申请；其二，可以提起侵权诉讼；其三，可以请求地方各级专利管理部门处理专利侵权纠纷。
但是，对第二项在司法实践中是否可行尚有争论。因为，依据最高人民法院在2001年6月5日发布的《关于对诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定》，专利实施许可合同的被许可人，作为专利权的利害关系人完全可以提起诉前停止侵权行为的申请，并非需要合同经过备案之后，被许可人才能成为利害关系人。因而对此不一致的规定还有必要在实践中加以协调。
（3）《管理办法》第8条规定：经过备案的专利合同的许可性质、范围、时间、许可使用费的数额等，可以作为人民法院、管理专利工作的部门进行调解或确定侵权纠纷赔偿数额时的参照。
这一规定与上一条相同，也涉及到与司法解释规定不一致的问题。最高人民法院于2001年6月19日发布的《关于管理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第21条规定：被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额。这里并未规定专利实施许可合同是否必须是经过备案，才可以作为人民法院在计算损失赔偿款时的依据，而一般情况下仅强调合同合法有效即可。这一区别同样有必要在实践中加以协调。
（七）、关于非法垄断技术，妨碍技术进步的合同的认定
“非法垄断技术，妨碍技术进步” 的合同属于无效技术合同，它是指通过合同条款限制另一方在合同标的技术的基础上进行新的研究开发，限制另一方从其他渠道吸收技术，或者阻碍另一方根据市场的需求，按照合同的方式充分实施专利和使用技术秘密。
根据合同法的规定，订立技术合同必须有利于科学技术的进步，加速科学技术成果的应用和推广。从这一原则出发，必须保护技术竞争，没有技术竞争就没有技术发展。另一方面，又不能允许当事人滥用其技术优势和地位缔结技术合同的权利，妨碍技术竞争和技术发展，因此，非法垄断技术、阻碍技术进步的合同直接违反合同法的宗旨，应当宣布无效。但同时必须划清正当的技术竞争和非法垄断技术的界限。一般情况下，下列合同条款属于非法垄断技术、妨碍技术进步的行为：
（1）限制另一方在合同标的技术的基础上进行新的研究开发，或者双方交换改进技术的条件不对等，包括要求一方将其自行改进的技术无偿地提供给对方、非互惠性的转让给对方、无偿地独占或者共享该改进技术的知识产权；
（2）限制另一方从其他来源吸收技术；
（3）阻碍另一方根据市场的需求，按照合理的方式充分实施合同标的技术，包括不合理地限制技术接受方实施合同标的技术生产产品或者提供服务的数量、品种、价格、销售渠道和出口市场；
（4）要求技术接受方接受并非实施技术必不可少的附带条件，包括购买技术接受方并不需要的技术、服务、原材料、设备或者产品等接收技术接受方并不需要的人才等；
（5）不合理地限制技术接受方自由选择从不同来源购买原材料、零部件或者设备等。
（6）禁止技术接受方对合同标的技术的知识产权的有效性提出异议的条件。
（八）、关于侵害他人合法权益的合同的认定
侵害他人合法权益，是指一方当事人侵害另一方或者第三方知识产权和技术权益的行为，主要包括：
（1）侵害他人专利权、专利申请权、专利实施权；
（2）侵害他人技术秘密成果使用权、转让权；
（3）侵害他人植物新品种权、植物新品种申请权、植物新品种实施权；
（4）侵害他人计算机软件著作权、集成电路电路布图设计权、新药成果权等技术成果权；
（5）侵害他人发明权、发现权以及其他科技成果权。
侵害他人发明权、发现权以及其他科技成果权等技术成果完成人人身权利的合同，合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
当事人使用或者转让其独立研究开发或者以其他正当方式取得的与他人的技术秘密相同或者近似的技术秘密的，不属于合同法第329条所称侵害他人技术成果。
通过合法的参观访问或者对合法取得的产品进行拆卸、测绘、分析等反向工程手段掌握相关技术的，属于上述所称以其他正当方式取得。但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
实践中较常见的是，侵害另一方或者第三方的专利权、专利申请权、专利实施权、技术秘密的使用权和转让权的行为。如未经专利权人的许可，非法转让其发明创造专利权的合同；职工转让单位的职务技术成果或者单位转让职工非职务技术成果的合同；合同约定技术成果使用权、转让权归一方的，另一方未经许可就该项非专利技术成果同第三方订立技术转让合同等，均属侵害他人合法权益的无效技术合同。
在司法实践中经常会遇到,虽然不是合同当事人之间先发生纠纷，而是先发生了专利侵权纠纷，但是，转让合同的受让方受到了更大的损失，其依合同受让技术实施，却造成了侵犯他人专利权，并向权利人作出损失赔偿。其行为虽然构成了侵权，但其行为是被动的、善意的，其侵权纠纷中造成的损失应当依合同由技术的转让方承担。但为了保护专利权人的合法权益，双方签订的转让合同应归于无效。
(九)、关于不争议条款的效力
“不争议条款”又称“不得反控条款”，是指在专利实施许可合同中，规定被许可方不得对许可合同中所涉及专利权的合法性提出质疑，即被许可方不得在合同有效期内对合同中涉及的专利权直接或者间接地向专利复审委员会提出无效宣告请求。
不争议条款本身是一种限制性条款，虽然它对保证许可合同的履行有益，但并不符合我国现行法律规定，且有碍公平竞争之嫌。全国法院知识产权审判工作会议《关于审理技术合同纠纷案件若干的问题的纪要》中，就明确将“禁止技术接受方对合同标的技术的知识产权有效性提出异议的条件”列为“非法垄断技术，妨碍技术进步”的情形之一，定为无效条款。
专利实施许可合同中的不争议条款会阻碍技术贸易的发展，从反垄断的角度出发，许多国家都通过立法或判例加以限制。目前，我国立法中虽然无明确规定禁止不争议条款，但在专利法和合同法的相关条款中均可以得出相关结论。如专利法第45条规定，“自国院专利行政部门公告授予专利权之日起，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的，可以请求专利复审委员会宣告该专利无效”，这里的任何人绝不能排除专利实施许可合同的受让方。在合同法第329条也规定，非法垄断技术，妨碍技术进步的合同无效。不争议条款保护的即是非法垄断，因此，应当被认定为无效条款。
在审判实践中，如果专利实施许可合同中约定有不争议条款，被许可方向专利复审委员会提出无效宣告请求，许可方以此为由要求解除合同的不应允许，也不应认定被许可方的行为违反合同约定，而应当认定该不争议条款无效。
（十）、关于技术合同的诉讼时效
原技术合同法规定，技术合同的诉讼时效为一年。合同法将全部合同的诉讼时效规定为二年，只有国际货物买卖合同和技术进出口合同的诉讼时效为四年。
关于合同法中诉讼时效的具体执行问题，最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》作了规定：技术合同争议当事人的权利受到侵害的事实发生在合同法实施之前，自当事人知道或者应当知道其权利受到侵害之日起至合同法实施之日起超过一年的，人民法院不予保护；尚未超过一年的，其提起诉讼的时效期间为两年。
合同法第129条款定，技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年，自当事人知道或者应当知道其权利受到侵害之日起计算。在海外专利技术转让合同中，同样适用这一规定。
根据最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》的规定：技术进出口合同争议当事人的权利受到侵害的事实发生在合同法实施之前，自当事人知道或者应当知道其权利受到侵害之日起至合同法施行之日超过两年的，人民法院不予保护；尚未超过两年的，其提起诉讼的时效期间为四年。
作为技术转让合同，其主要特征在于，技术转让合同的标的，是当事人订立合同时转让方已经掌握的“特定”和“现有”技术成果。所谓“特定的”技术成果，指的是符合特别规定，受法律确认和法律保护的技术权益。如专利权，专利申请权，专利实施权等。所谓“现有的”技术成果，指的是作为技术转让合同标的的技术权益，在订立合同时已经存在。尚待研究开发的专有技术不得作为专利技术转让合同的标的。“特定的”与“现有的”技术成果是构成技术转让合同的必要条件，二者缺一不可。中国的相关法律和司法实践十分重视技术转让合同的这一特点。
（一）、专利技术转让合同的诉讼管辖
2001年6月15日，最高人民法院发布的《全国法院知识产权审判工作会议关于审理技术合同纠纷案件若干问题的纪要》第90条规定：“技术合同纠纷属于与知识产权有关的纠纷，由中级以上人民法院管辖。”这一纪要虽然不是司法解释，但是，技术合同纠纷早已划入知识产权纠纷，这是不争的事实，只是在管辖级别上各地并不统一。此纪要发布后，许多省、自治区、直辖市均将技术合同纠纷案件与其他知识产权纠纷案件一样将级别提升到中级法院管辖。
在专利技术转让合同中，专利权转让合同和专利申请权转让合同发生纠纷，根据最高人民法院关于审理专利纠纷案件有关实行特别指定管辖的规定，应分别由各省、自治区、直辖市有专利纠纷案件管辖权的中级人民法院作为第一审法院，各省、自治区、直辖市的高级人民法院作为第二审法院。
对于专利实施许可合同纠纷，以及在专利申请阶段订立的技术转让合同纠纷案件的管辖问题，最高人民法院未作专门规定，应当依照民事诉讼法第24条的规定：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”也就是说，各地中级法院均有管辖权。
（二）、专利技术转让合同的法律适用
专利技术转让合同作为技术合同的一部分，它的订立、履行、变更、解除以及纠纷的解决，不仅要受到专利法的调整，同时也要受合同法的调整即签订专利技术转让合同，不仅要符合合同法的规定，还必须符合专利法的规定。
对于混合技术合同，即在一份合同中既有专利技术合同的内容，又有非技术合同的内容，例如在一份合同中，既有专利实施许可合同的内容，又有购销合同的内容，发生纠纷后，法院可以同时依据专利法和合同法中关于技术合同和经济合同的规定处理。
（三）、关于向外国人转让专利申请权或者专利权的问题
专利权转让合同，是指专利权人作为转让方将其发明创造专利的所有权移交受让方，受让方支付约定价款所订立的合同。根据专利权转让合同，受让方向转让方支付约定的价款后，成为新的专利权人，享受实施该项发明创造的排他性权利，原专利权人就失去了对该项专利的所有权。专利权可以全部转让，也可以部分转让。部分转让后，专利权成为共有权，专利权人和受让人成为共有专利权人。
专利申请权转让合同，是指转让方将其特定的发明创造申请专利的权利移交受让方，受让方支付约定价款所订立的合同。专利申请权转让后，发明人、设计人或者其所属单位就失去了就同一发明创造申请专利的权利。
按照专利法第10条的规定，中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，必须经国务院有关主管部门批准。转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。未生效的专利申请权或者专利权转让专利合同，不受法律保护。
这里需要说明的是关于向外国人转让专利申请权或者专利权的问题。根据专利法第10条第2款规定，中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，必须经国务院有关主管部门批准。这里所称的中国单位，是指按照我国法律成立从而具有我国国籍的单位，不仅包括全民所有制单位、集体所有制单位、股份有限公司、有限责任公司、私营企业以及其他混合所有制单位，而且包括依照我国法律成立的中外合资企业、中外合作经营企业以及外商独资企业。本条第2款所称外国人应当从广义上理解，是指所有不具有中国国籍的组织和个人，包括狭义的外国人、无国籍人、外国企业和其他外国组织。
如果专利申请权和专利权的转让人是中国单位或者个人，而受让人是外国人，就必须经国务院有关主管部门批准。这是因为专利申请权和专利权涉及技术，某些技术对国家的经济和科技利益有重大影响，如果将这样的技术转让给外国人，使之获得专利独占权，有可能对我国的科技和经济利益带来不利影响。
实践中的问题是，在中国单位中，包括了中外合资企业、中外合作经营企业和外商独资企业。近年来，外商在中国设立三资企业尤其是独资企业越来越多，而且，许多是研究开发性机构。作为独资企业在工作中研发出新的技术成果之后，如果将这些成果在中国申请了专利或者获得了专利权，当独资企业要将其“转让”、“交还”给总公司时，是否也同其他公司一样，要经过中国国务院有关主管部门批准？应当说这是肯定的。既然专利法做了明确规定，所有中国单位均应执行。
因为，这些技术成果已经申请中国专利，对于已获得专利权的，说明已经向社会公开其技术内容，不存在泄露国家秘密问题。对外资企业向外国人转让专利权的，要经过国务院有关主管部门批准，其目的并不在于担心将对国家的经济和科技利益有重大影响的技术成果转让到国外。这一点于其他中国单位向外国人转让专利权是有所不同的。因此，其经过批准仅仅是一种程序性规定，一种备案式规定。
中国单位和个人向外国人转让专利申请权和专利权，应当由国务院哪个主管部门批准？对此专利法没有作出规定。随着我国市场经济体制的发展和国务院机构改革的深入进行，原来的各工业系统的概念已经逐步淡化，因此，这一问题变得突出了。为了方便有关当事人，提高行政管理效率，第二次修改的专利法实施细则第14条新增加的一条，规定：“中国单位或者个人向外国人转让专利申请权或者专利权的，由国务院对外经济贸易主管部门会同国务院科学技术行政部门批准、国务院科学技术主管部门批准。”
（四）、对合同标的——技术成果的鉴定问题
在技术合同尤其是专利实施许可合同履行过程中，当事人常会因合同标的——技术成果是否成熟、先进、可靠、适用而发生纠纷。审理这类纠纷案件，往往会遇到对该技术成果的鉴定问题，而鉴定结论对案件的处理结果关系极大。专利技术合同纠纷与经济合同纠纷相比，专业性、技术性更强，对合同标的的鉴定与对一般商品的鉴定也是有所不同的。
对合同当事人之间许可的专利技术在转让前是否需要通过技术鉴定，可以由当事人约定。但鉴定不是技术转让必须的前提，主要是通过履行合同对其作出评价。
在合同履行过程中，双方当事人是否尽到了合同义务，这时也涉及到技术鉴定问题。根据合同法的规定，技术合同的条款由当事人约定。在专利实施许可合同条款中很重要的一项就是“验收标准和方式”。因此，在合同中一般应当约定验收标准和方法。当事人为此发生纠纷，人民法院对该技术成果组织鉴定，实质上就是对该合同的技术是否符合合同约定的一种验收。因此，当事人在合同中约定的验收标准和验收方式，也应当是人民法院鉴定该技术成果的标准，不符合约定验收标准的，就应视为违反合同，违约方应当承担违约责任。
人民法院可以根据案情的需要，采取鉴定形式，也可以经当事人同意后，以合同约定的验收标准及方法为依据，采取当事人自行鉴定的形式对技术成果作出评价，以检验技术成果是否符合合同约定的标准。
当然，对于经中国专利局授予专利权的发明专利，实施后取得经济效益，并由专利实施单位出具财务部门的经济效益证明或社会效益证明的技术成果，根据《科学技术成果鉴定办法》的规定，可视为已通过鉴定。这种视同鉴定形式与科技成果的其他鉴定形式具有等同效力。所以人民法院在审理专利实施许可合同纠纷案件中，遇到对技术成果评价问题时，如果当事人能提供证据证明该技术已视同鉴定，法院可以不再另行进行技术鉴定。
在对专利实施许可合同的标的进行鉴定时，尤其应当注意以下问题：
1、应采取民主的办法，允许当事人质询答辩。
由于对技术成果尤其是专利技术的鉴定是一项复杂的科技评价活动，因此，鉴定不应简单地照搬一般民事、刑事案件的鉴定办法，把个别鉴定人对某项技术的意见作为有证据效力的“鉴定结论”，而应当采用分析、讨论的办法，实地演示、操作的方法，并允许双方当事人参加质询、答辩，以求作出的结论经得起历史的考验。
2、应注意为当事人保守商业、技术秘密。
专利技术往往不是独立存在的，而是和技术秘密混合在一起。有些申请专利前的技术方案，一旦泄露，将可能失去新颖性和竞争性，失去获得专利权的可能性。这些技术秘密一旦公诸于世，将给当事人造成极大损失。因此，在审理专利技术转让合同纠纷中，一方面要依法公开进行，另一方面要尽可能地为当事人保守秘密。对与审理本案无关的技术诀窍不应公开，更不能泄露给对方当事人；对当事人要求保密的技术内容和对与审理案件有关的商业秘密、技术秘密，应当尽量不公开，以免给当事人造成其他经济损失。
3、专利技术不符合合同约定、实施达不到约定效果的，应视为许可方违约。
依据我国专利法的规定，有些技术方案要经过实质性审查，才可以获得发明专利权，但其距离工业化生产往往还相差较远；有些实用新型和外观设计，虽然取得了专利权，但由于未进行实质性审查，进入工业化生产往往还需要进行后续开发改进。就是说，获得专利权的技术不一定都能立即实施。因此，专利权人在订立专利实施许可合同时，应当对自己提供的专利技术负责，如实向被许可方讲明专利技术所处的法律状态，在合同中写明是否需要后续开发改进，由谁来进行等条款。如果在合同中未对此加以约定，而作为完全成熟的技术与他人订立专利实施许可合同，专利权人就应当保证其转让的技术符合合同约定的技术标准或专利文件中记载的技术标准。
在审理专利实施许可合同纠纷案件时，被许可方就专利技术是否成熟提出异议，法院不应以许可方有“专利证书” 、“专利权未被宣布无效”等为理由，认定该专利技术成熟可靠，而应当实事求是地进行鉴定。经过鉴定，证明技术不成熟，不能进行工业化生产或不符合合同约定标准的。应认定许可方违约，由其承担违约责任。
（五）、专利实施许可合同，只在该项专利权存续期间有效
作为一项发明创造专利，一旦超越专利权的有效期限，法律授予的专利权即不复存在，该发明创造便作为公共情报为整个社会所利用，公众有自由利用和实施该项发明创造的权利，无需经过原专利权人的许可。此时，当事人之间不再存在订立专利实施许可合同的前提。在专利权被终止、宣布无效、或超过保护期限后，原专利权人或者任何人，仍就该发明创造与他人订立专利实施许可合同，则属于欺诈行为。这种以欺诈手段订立的合同，属于无效合同，转让方应当承担法律责任。
专利实施许可合同，所涉及的发明创造专利在订立合同时是有效的，在合同有效期内，因许可方未按期交纳年费导致专利权被终止或者因原专利不具备授予专利权的条件，被宣告无效时，对原专利实施许可合同要分别情况，区别对待。因专利权人未交纳年费等原因，造成专利权终止时，原专利实施许可合同同时终止。转让方应当承担违反合同的责任，支付违约金或者赔偿损失。因发明创造不具备授予专利权的条件，经当事人或者利害关系人请求，由专利复审委员会或者人民法院宣布专利权无效时，该发明创造专利权视为自始便没有发生，该专利实施许可合同应予撤销。由此给受让方造成经济损失，专利实施许可合同的转让方还应当给予赔偿。
值得注意的是，根据专利法第47条的规定，宣告专利权无效的决定，对在宣告专利权无效前已经履行完毕的专利实施许可合同不具有追溯力。但是因专利权人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。
专利实施许可合同履行完毕后，专利权被宣布无效，如果专利权人不向被许可方返还专利使用费，明显违反公平原则，为此，许可合同的受让方提起诉讼，专利权人应当向被许可方返还全部或者部分专利使用费。
如果在合同纠纷诉讼中，作为许可合同标的专利权被宣布无效，该合同亦应终止履行。
在诉讼中，如果发现专利实施许可合同的期限超过了专利权有效期限，如实用新型专利权有效期限为10年，而许可合同期限约定为15年，则合同超出专利权保护期限的5年应属无效。
（六）、专利实施许可合同备案的效力与作用
根据专利法实施细则第15条第2款的规定，专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。根据专利法实施细则第89条之规定，国务院专利行政部门在定期出版的专利公报中将公告专利实施许可合同的备案情况。
2001年12月17日国家知识产权局发布了《专利实施许可合同备案管理办法》（简称《管理办法》），对专利实施许多合同的备案作出了具体的规定。其中，有些内容与人民法院审理专利实施许可合同纠纷和专利侵权纠纷有关。
（1）《管理办法》第5条规定：当事人应当自专利合同生效之日起3个月内办理备案手续。这一规定明确了几点：
其一，备案与合同生效无关，在合同生效之后才需要备案。当然，备案也与合同效力无关，合同是否备案并不影响合同的效力；
其二，这里讲的专利合同，包括专利实施许可合同，也包括专利申请过程中订立的许可合同。
（2）《管理办法》第6条规定：已经备案的专利实施许可合同的受让人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，如不及时制止将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以向人民法院提出诉前责令被申请人停止侵犯专利权行为的申请。
独占专利实施许可合同的受让人可以依法单独向人民法院提出申请；排他专利实施许可合同的受让人在专利权人不申请的情况下，可以提出申请。
经过备案的专利合同的受让人对正在发生或者已经发生的专利侵权行为，也可以依照专利法第57条规定，请求地方备案管理部门处理。
根据这条规定，经过备案的专利合同的受让人，其一，可以对专利侵权行为向人民法院提出诉前停止侵权行为的申请；其二，可以提起侵权诉讼；其三，可以请求地方各级专利管理部门处理专利侵权纠纷。
但是，对第二项在司法实践中是否可行尚有争论。因为，依据最高人民法院在2001年6月5日发布的《关于对诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定》，专利实施许可合同的被许可人，作为专利权的利害关系人完全可以提起诉前停止侵权行为的申请，并非需要合同经过备案之后，被许可人才能成为利害关系人。因而对此不一致的规定还有必要在实践中加以协调。
（3）《管理办法》第8条规定：经过备案的专利合同的许可性质、范围、时间、许可使用费的数额等，可以作为人民法院、管理专利工作的部门进行调解或确定侵权纠纷赔偿数额时的参照。
这一规定与上一条相同，也涉及到与司法解释规定不一致的问题。最高人民法院于2001年6月19日发布的《关于管理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第21条规定：被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额。这里并未规定专利实施许可合同是否必须是经过备案，才可以作为人民法院在计算损失赔偿款时的依据，而一般情况下仅强调合同合法有效即可。这一区别同样有必要在实践中加以协调。
（七）、关于非法垄断技术，妨碍技术进步的合同的认定
“非法垄断技术，妨碍技术进步” 的合同属于无效技术合同，它是指通过合同条款限制另一方在合同标的技术的基础上进行新的研究开发，限制另一方从其他渠道吸收技术，或者阻碍另一方根据市场的需求，按照合同的方式充分实施专利和使用技术秘密。
根据合同法的规定，订立技术合同必须有利于科学技术的进步，加速科学技术成果的应用和推广。从这一原则出发，必须保护技术竞争，没有技术竞争就没有技术发展。另一方面，又不能允许当事人滥用其技术优势和地位缔结技术合同的权利，妨碍技术竞争和技术发展，因此，非法垄断技术、阻碍技术进步的合同直接违反合同法的宗旨，应当宣布无效。但同时必须划清正当的技术竞争和非法垄断技术的界限。一般情况下，下列合同条款属于非法垄断技术、妨碍技术进步的行为：
（1）限制另一方在合同标的技术的基础上进行新的研究开发，或者双方交换改进技术的条件不对等，包括要求一方将其自行改进的技术无偿地提供给对方、非互惠性的转让给对方、无偿地独占或者共享该改进技术的知识产权；
（2）限制另一方从其他来源吸收技术；
（3）阻碍另一方根据市场的需求，按照合理的方式充分实施合同标的技术，包括不合理地限制技术接受方实施合同标的技术生产产品或者提供服务的数量、品种、价格、销售渠道和出口市场；
（4）要求技术接受方接受并非实施技术必不可少的附带条件，包括购买技术接受方并不需要的技术、服务、原材料、设备或者产品等接收技术接受方并不需要的人才等；
（5）不合理地限制技术接受方自由选择从不同来源购买原材料、零部件或者设备等。
（6）禁止技术接受方对合同标的技术的知识产权的有效性提出异议的条件。
（八）、关于侵害他人合法权益的合同的认定
侵害他人合法权益，是指一方当事人侵害另一方或者第三方知识产权和技术权益的行为，主要包括：
（1）侵害他人专利权、专利申请权、专利实施权；
（2）侵害他人技术秘密成果使用权、转让权；
（3）侵害他人植物新品种权、植物新品种申请权、植物新品种实施权；
（4）侵害他人计算机软件著作权、集成电路电路布图设计权、新药成果权等技术成果权；
（5）侵害他人发明权、发现权以及其他科技成果权。
侵害他人发明权、发现权以及其他科技成果权等技术成果完成人人身权利的合同，合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
当事人使用或者转让其独立研究开发或者以其他正当方式取得的与他人的技术秘密相同或者近似的技术秘密的，不属于合同法第329条所称侵害他人技术成果。
通过合法的参观访问或者对合法取得的产品进行拆卸、测绘、分析等反向工程手段掌握相关技术的，属于上述所称以其他正当方式取得。但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
实践中较常见的是，侵害另一方或者第三方的专利权、专利申请权、专利实施权、技术秘密的使用权和转让权的行为。如未经专利权人的许可，非法转让其发明创造专利权的合同；职工转让单位的职务技术成果或者单位转让职工非职务技术成果的合同；合同约定技术成果使用权、转让权归一方的，另一方未经许可就该项非专利技术成果同第三方订立技术转让合同等，均属侵害他人合法权益的无效技术合同。
在司法实践中经常会遇到,虽然不是合同当事人之间先发生纠纷，而是先发生了专利侵权纠纷，但是，转让合同的受让方受到了更大的损失，其依合同受让技术实施，却造成了侵犯他人专利权，并向权利人作出损失赔偿。其行为虽然构成了侵权，但其行为是被动的、善意的，其侵权纠纷中造成的损失应当依合同由技术的转让方承担。但为了保护专利权人的合法权益，双方签订的转让合同应归于无效。
(九)、关于不争议条款的效力
“不争议条款”又称“不得反控条款”，是指在专利实施许可合同中，规定被许可方不得对许可合同中所涉及专利权的合法性提出质疑，即被许可方不得在合同有效期内对合同中涉及的专利权直接或者间接地向专利复审委员会提出无效宣告请求。
不争议条款本身是一种限制性条款，虽然它对保证许可合同的履行有益，但并不符合我国现行法律规定，且有碍公平竞争之嫌。全国法院知识产权审判工作会议《关于审理技术合同纠纷案件若干的问题的纪要》中，就明确将“禁止技术接受方对合同标的技术的知识产权有效性提出异议的条件”列为“非法垄断技术，妨碍技术进步”的情形之一，定为无效条款。
专利实施许可合同中的不争议条款会阻碍技术贸易的发展，从反垄断的角度出发，许多国家都通过立法或判例加以限制。目前，我国立法中虽然无明确规定禁止不争议条款，但在专利法和合同法的相关条款中均可以得出相关结论。如专利法第45条规定，“自国院专利行政部门公告授予专利权之日起，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的，可以请求专利复审委员会宣告该专利无效”，这里的任何人绝不能排除专利实施许可合同的受让方。在合同法第329条也规定，非法垄断技术，妨碍技术进步的合同无效。不争议条款保护的即是非法垄断，因此，应当被认定为无效条款。
在审判实践中，如果专利实施许可合同中约定有不争议条款，被许可方向专利复审委员会提出无效宣告请求，许可方以此为由要求解除合同的不应允许，也不应认定被许可方的行为违反合同约定，而应当认定该不争议条款无效。
（十）、关于技术合同的诉讼时效
原技术合同法规定，技术合同的诉讼时效为一年。合同法将全部合同的诉讼时效规定为二年，只有国际货物买卖合同和技术进出口合同的诉讼时效为四年。
关于合同法中诉讼时效的具体执行问题，最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》作了规定：技术合同争议当事人的权利受到侵害的事实发生在合同法实施之前，自当事人知道或者应当知道其权利受到侵害之日起至合同法实施之日起超过一年的，人民法院不予保护；尚未超过一年的，其提起诉讼的时效期间为两年。
合同法第129条款定，技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年，自当事人知道或者应当知道其权利受到侵害之日起计算。在海外专利技术转让合同中，同样适用这一规定。
根据最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》的规定：技术进出口合同争议当事人的权利受到侵害的事实发生在合同法实施之前，自当事人知道或者应当知道其权利受到侵害之日起至合同法施行之日超过两年的，人民法院不予保护；尚未超过两年的，其提起诉讼的时效期间为四年。